Ндя... как-то странно вы винды ставите.... такй способ я исползовал когда ставил NT4 на диски больше 2ух гигов....
А 2000/ХР нормально без проблем ставятся сразу с диска... хотя может у вас какая-то левая копия
А вот ставить или не ставить NTFS - это на самом деле вопрос очень спорный... NTFS5 от NTFSv3 (что была в NT4) очень отличается, вся беда NTFS5 - в том что ее испаганили добавляя совместимость с FAT32, в наследство она получила практически все недостатки фата...