Ну проблема есть, только если 2003 стоит как контроллер домена и является корнем Active Directory и если в качестве ДНС сервера стоит не ДИНАМИЧЕСКИЙ днс.
Плюс ещё нескоко заморочек: HASP не встаёт и т.д. и т.п.
Но для разработчика - полный рай (т.е. 2003 использовать как обычную рабочую станцию и ничего не поднимать): никаких зависонов и офигительная стабильность работы системы